Nær sagt som vanlig var forventingene store til den nye sesongen. Alan Ball skulle nå få lede sesongen fra starten av og selv om dette var tiden før Mandaric kom inn i klubben drømte man som vanlig om opprykk. Treningskampene var oppløftende og med følgende startoppstilling tok Pompey i mot Watford til seriestart på Fratton Park: Aaron Flahaven, David Hillier, Andy Thomson, Andy Awford, Fitzroy Simpson, Alan McLoughlin, Thomas Thorgersen, Michaelis Vlachos, John Durnin, Nico Kyzeridis og John Aloisi. Vår beste spiller Aloisi ga oss ledelsen 1-0, men i 2. omgang rullet vi over og tapte 2-1. Nykommeren Thogersen skulle senere vise seg å gjøre en god sesong, mens den andre nykommeren, greske Kyzeridis, ble en gigant flopp og returnerte siden gratis tilbake til Hellas.

Starten viste etter hvert at håpet om opprykk var lite realistisk. Alan Ball prøvde å få tilbake optimismen med å hente inn Martin Phillips, en ving han tidligere hadde kjøpt til Man City og den gang beskrevet som spilleren som ville bli Englands første 10 millioner punds mann. Han hentet også inn ringreven Steve Claridge i løpet av sesongen, men ingen av disse ble de store hitene (Claridge slo derimot tilbake i neste sesong, og var en stor spiller da. Phillips fikk aldri noe gjennombrudd på Fratton Park). Da syv kamper var spilt hadde Pompey én seier (3-0 mot QPR på hjemmebane) og med seks poeng var vi kun to poeng unna nedrykk. Kun to spillere stod fram og var gode; John Aloisi og Alan McLoughlin. Vi fikk en liten oppblomstring med borteseier mot Port Vale og en sterk hjemmeseier mot Premier League-laget Wimbledon i ligacupen, men ble etter ekstraomganger banket i returen. 

John Aloisi var lyspunktet. Australieneren hadde 15 scoringer allerede i starten av november, men selv om hans scoringer iblant førte til gode resultater og tre poeng, var tap 2-4 hjemme for Bradford og 1-2 borte mot Bury mer typisk for våre prestasjoner. Den aldrende franskmannen Jeff Peron ble hentet inn fra Wigan og gjorde sine saker brukbart, men ved juletider lå vi likevel kun ett poeng over nedrykksstreken

Økonomiske problemer ble i tillegg til sportslig nedtur et stadig større problem og da Coventry kom på banen med litt penger på bordet forsvant Aloisi til Premier League. Ting så svært mørkt ut, men et lite lysglimt fikk vi da vi slo Forest på bortebane i FA-cupen. Det ble derimot med én premier League-skalp for i 4. runde tapte vi 5-1 for Leeds på hjemmebane.  Da Aloisi forsvant fikk en unggutt ved navn Luke Nightingale sjansen og tenåringen scoret to mål borte mot WBA i sin debut og vi vant 2-1, men selv om han fikk seg et par scoringer til klarte han aldri å slå skikkelig gjennom. Klatring på tabellen ble det først da Ball lånte inn tidligere Pompey-helt Guy Whittingham. Sammen med Steve Claridge hadde vi endelig en spissduo som scoret og Whittingham hadde blant annet et hattrick i 4-0-seieren mot Port Vale. Spissduoen Whittingham/Claridges gode form sammen førte oss bort fra bunnstrid og i midten av mars hadde vi ni poeng ned til nedrykk

Da Whittingham måtte returnere til sin klubb Sheffield Wednesday tok heldigvis ringreven John Durnin ansvar og scoret et par viktige mål. Dermed var plassen sikret nok en gang. For en gangs skyld kunne Pompey spille sesongens siste kamp uten fare for nedrykk, selv om det hadde vært teoretisk mulig med nedrykk om vi hadde hatt ett poeng mindre. Laget som avsluttet denne sesongen var Alan Knight (Flahaven skadet), Matt Robinson, Fitzroy Simpson, Adrian Whitbread, Andy Awford, Alan McLoughlin, Jeff Peron, Michaelis Vlachos, Sammy Igoe, John Durnin og Steve Claridge.